La diversidad geográfica, las variaciones en la altitud y los diferentes microclimas y ecorregiones, hacen de Salta el paraíso de las aves. Con un total de 657 especies registradas es la provincia argentina con mayor cantidad de aves presentes en su territorio (65% del total nacional).

Cabe destacar que, si bien la fauna provincial ha sido estudiada, los sectores puneños y selváticos del norte merecen mayores prospecciones.

Las Yungas han sido identificadas como un área de endemismos de aves a escala global y en Salta encuentran su mayor expresión. A este grupo pertenecen aves como el fiofío plomizo (Elaenia strepera), el chululú cabeza rojiza (Grallaria albigula), el picaflor frente azul (Eriocnemis glaucopoides), el loro alisero (Amazona tucumana), el vencejo pardo (Cypseloides rothschildi) y la pava de monte alisera (Penelope dabbenei).

Recientemente se ha descubierto en Salta el churrín de Zimmer (Scytalopus zimmeri), una especie que se creía endémica de las Yungas del sur de Bolivia, con lo cual muchas poblaciones que se consideraban en nuestro país pertenecientes al churrín ceja blanca (Scytalopus superciliaris) deben considerarse a la luz de las nuevas determinaciones (Mazar Barnett y Pearman en prep.).

Otra región de endemismo representada en Salta son las estepas arbustivas puneñas y altoandinas, con una variedad importante de especies de distribución restringida y discontinua. Componen este grupo: la palomita ojo desnudo (Metriopelia morenoi), varias especies de canasteros (género Asthenes), la monterita serrana (Compsospiza baeri) y la rara monterita quebradeña (Poospiza boliviana), el pepitero colorado (Saltator rufiventris), el Yal grande (Idiopsar brachyurus) y el jilguero corona gris (Sicalis luteocephala).

Los grandes bloques selváticos de la cuenca superior del río Bermejo y la cuenca del río Seco son los únicos del país que todavía mantienen poblaciones de aves que requieren grandes radios de acción para su subsistencia como las grandes águilas selváticas. Se encuentran en Salta varias localidades con avistajes recientes de águila poma (Oroaetus isidori), águila solitaria (Harpyhaliaetus solitarius), águila crestuda real (Spizaetus ornatus) y águila viuda (Spizastur melanoleucus), así como una población delictual del guacamayo verde (Ara militaris).

También se encuentran zonas de importancia de especies endémicas de todo el bioma andino central, mucho más extendido fuera de la Argentina, tales como los bosques de tabaquillo que contienen una avifauna característica, cada vez más rara en nuestro país. Esta zona es además el refugio invernal de especies migratorias altitudinales de la puna como el flamenco austral (Phoenicopterus chilensis) y la parina grande (Phoenicopterus andinus).